Năm 2005, ông cùng một số nhân vật như Lê Thăng Long lập ra Nhóm nghiên cứu Chấn thông qua việc nghiên cứu tình hình chính trị, kinh tế, xã hội ở Việt Nam.

Từ đầu tháng 11 năm 2008, ông lập hai Blog trên mạng internet: Change We Need và Trần Ðông Chấn xuất hiện nhiều bài viết và bình luận về lãnh đạo cũng như nền chính trị Việt Nam, với tổng cộng khoảng 49 bài viết. Thông tin ở đây được một số hãng thông tấn quốc tế đăng lại.[8]

Tháng 3 năm 2009, ông đi Phuket, Thái Lan. Tại đây ông gặp một số nhân vật bất đồng chính kiến khác, cùng họ thành lập các tổ chức chính trị nhằm thay thế Đảng cộng sản Việt Nam khi xảy ra biến cố chính trị trong tương lai. Về nước ông bị tố là đã thành lập Đảng Xã hội Việt Nam.

Sau khi về nước, ông cùng với ông Lê Công Định, Nguyễn Sĩ Bình hợp tác viết cuốn sách Con đường nước Việt,[9] trong đó Lê Công Định viết phần cải cách Tư pháp, Nguyễn Sĩ Bình viết về phần cải cách Xã hội, còn ông viết về phần cải cách Kinh tế.

Cuốn sách nêu trên, thêm những tư liệu về ông Thức do gia đình ông cung cấp, được Phong trào Con Đường Việt Nam, một phong trào đấu tranh cho nhân quyền tại Việt Nam, đặt tên là "Trần Huỳnh Duy Thức và Con đường nào cho Việt Nam" và cho phát hành miễn phí dưới dạng ebook vào ngày 10.06.2013.[10]